все не так. 5400 — это немного тише, но существенно медленнее. и контроллер не будет вносить вообще никаких задержек относительно набортного. те sata-контроллеры, которые на материнках стоят — все равно через южный мост работают. а зачастую и через отдельный чип, к нему подключаемый.