Я не в защиту прокуратуры, но все-таки...
Прокуратура хоть и надзорная инстанция (в том числе), они не могут знать заранее, кто, где незаконно чего делает.
И дела возбуждаются ТОЛЬКО по факту, в том числе по заявлению и довольно часто (при чем не всегда имеет значение от кого заявление, главное, чтобы было в нем все изложено по существу, ну и конечно координаты заявителя, т.к. анонимки они не рассматривают).
IMHO, они Вам правильно сказали "Что ж вы раньше то не пришли?"
Кстати, для этого достаточно почитать УПК и ФЗ "О прокуратуре", а также иные нормативные акты, которые прямо или косвенно касаются их деятельности.
Что касается второго случая, то прокуратура (районная), как правило, не занимается надзором за налоговыми органами, для этого есть вышестоящие инстанции МНС, а уж потом суд.